如何查看MEME-ChIP分析結果?

做過ChIP-seq和ATAC-seq的小伙伴想必都知道Motif預測吧,大家覺得比較常用又好用的軟件大概就是MEME-ChIP:(http://meme-suite.org/doc/meme-chip.html?man_type=web)組件了吧。網上有很多教軟件安裝使用的教程,網站分析界面也很友好,所以我們不講如何使用,而是講如何看結果。

百邁客根據老師可能的需求,從MEME-ChIP的原始分析結果中提取了精華,提供了較為全面完整的分析結果:

1、每個motif的logo圖

2、motif注釋結果(JASPAR)

3、MEME注釋結果與Peak靶基因的聯合結果

4、MEME-ChIP所有的HTML版結果

前三條一般情況下是足夠的啦,但是小編就是比較執著,就想看看MEME-ChIP的原始分析結果都是什么,接下來我們就開始吧。

為了方便所有人,小編特意在網站上做了一版,這樣想學習的大家都可以復現啦。

先準備數據,這里是一個ATAC-seq預測的Peak數據,我們選取Peak峰周圍幾百bp的DNA序列作為輸入,記住一定要是FASTA格式的數據哦。如果你自己沒有的話,網站也提供了示例數據,你可以在這里找到:

然后上傳數據,開始分析,小編在這里全部使用默認參數:

點擊開始后,就可以耐心等待啦~

一段時間后你就可以從郵箱里找到你的分析結果鏈接,下載下來解壓就是這個樣子的:

打開meme-chip.html,接下來就是這樣子的:

小結

1、使用MEME-ChIP的時候務必保證輸入序列是等長的。

2、MEME-ChIP中嵌套的de novo Motif Discovery工具是MEME和DREME,Motif Enrichment工具是CentriMo和SpaMo,Motif Camparison(Motif注釋)軟件是Tomtom,Motif Scanning工具是FIMO。

3、MEME和DREME的區別是:MEME用于發現較長的Motif(約21bp);DREME用于發現較短的Motif(約8bp)

4、CentriMo和SpaMo的區別是:CentriMo用于發現Motif(de novo發現的Motif+給定的已知數據庫中的Motif)在輸入序列上的富集,另外CentriMo要求輸入序列等長;SpaMo(Motif間距分析),以Cluster后的Motif作為primary motif,以de novo發現的Motif和給定的已知數據庫中的Motif為secondary motif,找到在輸入序列上在相對primary motif出現位置的特定距離處富集的secondary motif。

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