Nanopore最新測序數據展示|基因組

三代測序儀以其超長讀長的優勢,在基因組組裝中備受青睞,目前最廣泛應用的是PacBio三代單分子熒光測序和Nanopore三代單分子納米孔測序,因Nanopore測序讀長更長且通量高的特點,近幾年在基因組組裝應用中嶄露頭角,先后在Nature Biotechnology上發表了人的基因組、Plant cell上發表了野生番茄基因組、Nature Genetics上發表了高粱基因組等等,測序技術已相當成熟。

百邁客自2017年3月開啟第一個ONT平臺研發立項,2018年8月又引進2臺最高通量測序儀PromethION。截至目前,百邁客已經構建將近200個物種的文庫,組裝近百個物種,從測序到分析已經擁有相當豐富的經驗。今天小編拿到了新鮮出爐的數據結果,忍不住和大家一起分享~~

ONT測序結果展示

作物類(部分)

林木類(部分)

動物(部分)

水產(部分)

中藥材(部分)

注:Species:分析的物種信息;SeqNum:各個長度范圍內序列的數目;SumBase:指各個長度范圍內序列的總長度;N50Len:reads N50長度;N90Len:readsN90長度;MeanLen:平均reads長度;MaxLen:最長reads長度;MeanQual:質量值。

以上是總結的部分作物類、林木類、動物、水產和中藥材的下機數據結果展示,從以上的數據不難看出,平均raeds長度幾乎均在20Kb以上,最長reads高達1.6Mb以上(不同樣品DNA抽提難易程度不同,會造成一定的影響)。

基因組組裝結果展示

上表中最后一列MeanQual就是下機數據的質量值,與堿基準確度的換算公式為:準確度 = 1-10^(-Q/10),經計算? Nanopore下機數據單堿基的平均準確率約為86%左右,這樣經過校正的數據再用Canu、SMARTdenovo、WTDBG等軟件進行基因組的組裝,再經過二代數據的polish之后,堿基的準確度可達到99.99%以上呢!

廢話少說,直接上組裝結果!

植物(部分)

動物(部分)

注:Species:分析的物種信息;CtgNum:contig數目;CtgLen:contig總長度;CtgN50:contigN50長度;CtgN90:contigN90長度;CtgMax:最長contig長度;GC(%):GC含量占比。
從上表中的組裝結果展示,ContigN50平均達到了Mb級別(測序深度對Contig深度也是有一定影響的)Contig N50最長高達26.9Mb。組裝連續性還不錯,但是基因完整性怎樣呢?不妨再看一下評估結果吧~ 

組裝評估結果

BUSCO評估結果(部分物種)

注:物種:分析的物種信息;Complete BUSCOs:找到完整基因數;Complete and single-copy BUSCOs:其中單拷貝基因數;Complete and duplicated BUSCOs:多拷貝基因數;Fragmented BUSCOs:預測不完整基因數;Missing BUSCOs:沒有預測出來的基因數。

評估結果顯示基因完整度均在90%以上!!說明Nanopore數據的組裝連續性和完整性都是非常好的,是值得廣大科研工作者信賴的哦!

百邁客ONT平臺發展歷程

百邁客在Nanopore測序方面已經積累了大量的經驗,也是中國大陸首家且唯一一家全部通過PromthION/GridION平臺及DNA/RNA樣本官方認證的公司!若您對Nanopore測序感興趣,可隨時與我們聯系,我們將為您提供免費的方案,助力您的科研之行!

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